Năm 2006, thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Theo đó Đảng bộ trong Trường Sĩ quan Lục quân 2 bao gồm:

• Đảng bộ Trường Sĩ quan Lục quân 2 là cao nhất.
• Đảng bộ cơ sở ở các Hệ, Tiểu đoàn quản lý học viên, khoa, Phòng thuộc Trường Sĩ quan Lục quân 2.
• Chi bộ cơ sở các Tiểu đoàn, khoa, ban chức năng; chi bộ trực thuộc ở các Bộ môn, các ban, đơn vị cấp đại đội và tương đương.